Член-корреспондент РАН (2025), доктор биологических наук (2020), профессор. Специалист в области дендроэкологии и ботаники.

Основные научные результаты Бабушкиной Е. А. относятся к новому направлению — цифровой анатомии древесных растений. Ею решены методические вопросы автоматизированной количественной обработки анатомических характеристик годичных колец древесных растений, доказаны их новые возможности как источников информации об изменениях среды и климата с высоким временным разрешением.

Окончила Абаканский государственный педагогический институт (1992); Хакасский технический институт (2007).

С 2007 г. работает в Хакасском техническом институте: старший преподаватель кафедры (2007–2011), заместитель декана (2008–2011), заведующая Научно-образовательной лабораторией «Дендроэкология и экологический мониторинг» (2012–2014), директор (с 2014) Хакасского технического института — филиала Сибирского федерального университета.

Член Попечительского совета Хакасского республиканского отделения Российского географического общества. Эксперт-эколог, представитель науки от Республики Хакасия по программе «Открытая Арктика — 2016».