С 1943 г. научный руководитель, а затем директор Научно-исследовательского института полупродуктов и красителей (НИОПиК). Во время Великой Отечественной войны в институте было организовано производство продуктов оборонного значения: пиротехнических материалов, воспламеняющейся жидкости и специальных деталей для противотанковых гранат, препаратов для сенсибилизации порохов; метилхлорида для контрольно-измерительной аппаратуры авиации; монометиланилина (контактная технология), повышающего октановое число авиационного бензина; проявителей повышенной степени чистоты; фармацевтических средств (белого стрептоцида, антифебрина и сахарина и др.), кровеостанавливающего, противошокового и противоожогового препаратов; нового импрегната для обмундирования, красителей защитного цвета, маскировочных пигментов и др. После войны Ворожцов был произведен в звание полковника и возглавил группу советских химиков-специалистов в Германии.

Награжден медалью «Зa доблестный труд в Bеликой Отечественной войне 1941–1945 гг.», юбилейной медалью «Тридцать лет победы в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1975).

Н. Н. Ворожцов — старший лейтенант. На сборах командного состава Военной академии химзащиты, 1939 г.		Н. Н. Ворожцов — полковник., 1946 г.		Удостоверение к юбилейной медали «Тридцать лет победы в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.»