В июле 1941 года студентом 3-го курса Ленинградского государственного университета Воронков добровольцем вступил в ряды защитников Родины.

Через много лет он вспоминал: «Сначала зачислили в саперный батальон — строить противотанковые рвы на Карельском перешейке. Потом перевели в ополчение. А я и тогда уже плохо видел, и это заметил наш взводный. Он настоял, чтобы меня перевели в химическую службу. Меня направили начальником химслужбы в 102-й батальон Василеостровской дивизии Ленинградской армии народного ополчения, а затем в 209-й истребительный батальон НКВД ловить шпионов, охранять город. Во время одного из взрывов в декабре 1941 года я был контужен и потерял один глаз».

Воронков был демобилизован, однако, не смотря на серьезные проблемы со зрением, участвовал в деятельности лаборатории штаба противовоздушной обороны Ленинграда. Наряду с этим Воронков сдал досрочно экзамен на «отлично» по стереохимии на химфаке ЛГУ. В марте 1942 года по «дороге жизни» Михаил Воронков был эвакуирован из блокадного Ленинграда в Свердловск, где досрочно окончил Уральский госуниверситет, затем аспирантуру в Институте органической химии АН СССР под руководством академика А. Е. Фаворского.

Награжден медалю «За оборону Ленинграда» (1946), медалю «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1946), медалю «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1946), орден Отечественной войны II степени (1985).

«…самой дорогой в моей жизни наградой среди многих орденов и медалей, полученных мною за научные, трудовые и другие заслуги, является медаль "За оборону Ленинграда".»