В 1940–1945 гг. — руководитель Ленской историко-археологической экспедиции.

Результаты Ленской историко-археологической экспедиции были обобщены в докторской диссертации: «Очерки по истории Якутии — от палеолита до присоединения к Русскому государству», защищенной в 1947 г. Разработанная Алексеем Павловичем Окладниковым концепция происхождения якутского народа получила широкий резонанс.

Награжден орденом «Знак Почета» (1945, 1947), медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1946).

«В 1941 г. в июне началась война, а экспедиция в Якутск началась в мае. В разведке их было трое: Вера Дмитриевна и матрос шли на лодке вдоль берега Лены; Алексей Павлович — по берегу в поисках древних памятников. Подошли к очередной деревне. Там были все встревожены, в сельсовете очередь из мужчин. Вера Дмитриевна сторожила лодку, мужчины пришли с тяжелой новостью: "Вера, война...". Решили, что Вера Дмитриевна отправится в Якутск, а мужчины идут в сельсовет на мобилизацию. Вскоре они вернулись. Военком, выяснив, что приписаны они в Ленинграде, а здесь в экспедиции с предписанием об оказании поддержки, посоветовал отметиться и отправляться по заданному маршруту, а по выполнении задачи прибыть в Ленинград и там уже разбираться. Никто и предположить не мог, что война затянется на четыре года. Экспедиция продолжила свой путь в сторону Ледовитого океана. Осенью вернулись в Якутск, там их и оставили — Ленинград уже был блокадным.»

Источники:

• Мыльников В. П. Мой А. П. = My A. P.: мгновения жизни великого археолога: научные мемуары. Новосибирск, 2018. 390 с.
• Молодин В. И. Академик Окладников — страницы творчества (в честь 105-летнего юбилея): учебное пособие. Новосибирск, 2013. 119 с.
• Деревянко Е. И. Тропой далеких тысячелетий: Страницы из жизни археолога и путешественника. Новосибирск, 2008. 199 с.
• Окладников Алексей Павлович // Российская академия наук. Сибирское отделение: персональный состав. Новосибирск: Наука, 2007. С. 198–199.
• Конопацкий А. К. Прошлого великий следопыт: академик А. П. Окладников: страницы биографии. Новосибирск, 2001. 492 с.

Подробнее о работе в Сибирском отделении РАН:

• Лица сибирской науки
• Календарь памятных дат СО РАН