С началом Великой Отечественной войны, когда Донбасс и Подмосковье были оккупированы немецко-фашистскими захватчиками, Кузнецкий бассейн должен был стать основным поставщиком высококачественных углей для оборонной промышленности и железнодорожного транспорта. Горбачев Тимофей Федорович первоначально был назначен главным инженером треста «Кемеровоуголь» (1942–1943 гг.), а затем переведен на такую же должность в трест «Осинникиуголь» (1943–1946 гг.). Кемеровское и Осинниковское месторождения Кузбасса были тогда наиболее развитыми угледобывающими участками, однако горно-геологические условия были не из легких. И все же за эти годы, благодаря большой организаторской и новаторской инженерной работе, вместе с известными горняками А. Задемидко, В. Кожевиным и другими удалось добычу угля по тресту «Осинникиуголь» повысить в 1,5 раза.

В 1944 г. без отрыва от производства, что особенно в те годы было не так-то просто, — защитил диссертацию и получил ученую степень кандидата технических наук.

Герой Социалистического Труда (1948); награжден орденами Ленина (1948, 1960, 1967), Трудового Красного Знамени (1948), «Знак Почета» (1943); лауреат Сталинской премии III степени (1949); знаком «Шахтерская слава» I и II степени; медалью «За особый вклад в развитие Кузбасса».