В 1941 году Будкер окончил МГУ и прямо с последнего государственного экзамена пошел записываться на фронт добровольцем, хотя имел бронь, которая освобождала его от призыва, как специалиста, нужного оборонной промышленности. Он попал сначала в один из отрядов московского ополчения, а уже оттуда — на фронт, командовал в звании лейтенанта зенитной батареей и, как мог, старался защитить девочек-зенитчиц от тягот военного времени. Там, на фронте, до конца войны служил на Дальнем Востоке, в полевой зенитной части, он сделал первое свое изобретение — усовершенствовал систему управления зенитным огнем. В начале 1945 года участвовал в работе слета армейских изобретателей в Москве. Демобилизовался в 1946 году.

Будкер всегда с благодарностью вспоминал своих боевых товарищей и считал, что армия много ему дала для понимания человеческих отношений. При всей преданности Будкера физике, он говорил, что его поколение запомнится не атомной бомбой, а тем, что оно переломило хребет фашизму. «А мы в этом, с удовольствием, даже со страстью, — уточнял он, — принимали участие». И такие радость и гордость были в его словах, что каждый понимал, что Будкер — фронтовик.

Награжден медалями «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.», «За победу над Японией».

«Больше всего на свете я люблю цветы. Как участник минувшей войны и как физик, я очень хорошо представляю, что такое война. И — мечтаю, чтобы как можно больше людей на земле выращивали цветы. Ведь человек, любящий цветы, никогда не поднимет оружия против людей, против цветущей земли, против мира…»