До войны Бокий Георгий Борисович работал в Институте общей и неорганической химии (ИОНХ) в организованной им лаборатории кристаллографии, изучавшей комплексные соединения платиновых металлов.

В 1941 г. Институт общей и неорганической химии АН СССР был эвакуирован в Казань, где Бокий занимался нуждами оборонной промышленности и разработал защитное покрытие для пластинок сегнетовой соли, которые использовались для стабилизации радиоволн. В 1942 г. по предложению академика Несмеянова Бокий прочитал свой первый курс кристаллохимии для сотрудников Института органической химии. В этот период Бокием на основе кристаллохимических данных был предложен вариант распределения элементов по подгруппам в Таблице Менделеева, который впоследствии (1981) был утвержден Международным союзом теоретической и прикладной химии (IUPAC).

В 1942 г. Георгий Борисович защитил докторскую диссертацию «Кристаллографические методы исследований в неорганической химии», в которой были суммированы результаты гониометрических, оптических и рентгеноструктурных исследований. В том же году была возобновлена работа рентгеновской лаборатории и продолжены исследования солей, комплексных соединений и интерметаллидов. В соавторстве с Ванштейном Бокий разработал кристаллохимию двойных интерметаллидов (фаз Лавеса) («О кристаллохимии фаз Лавеса», 1943). После возвращения Института в Москву в 1944 г. лаборатория кристаллографии была преобразована в лабораторию кристаллохимии, в ее состав вошли группы, занимающиеся изучением магнитных свойств кристаллов, ИК-спектров, диэлектрических постоянных, а затем и группа квантовой химии. В 1944 г. вышла монография Бокия «Кристаллооптический анализ», ему было присвоено ученое звание профессора.

Награжден орденом «Знак Почета» (1944), медалью «Зa доблестный труд в Bеликой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1946).