Действительный член РАН (2013), действи­тельный член PАМН (2005), член-корреспондент РАМН (1997), доктор медицинских наук (1987), профессор (1990). Специальность «гистология и цитология».

Окончил лечебный факультет Новосибирского государственного медицинского института (1969). Младший и старший научный сотрудник НГМИ (1969–1980), зав. медико-биологическим отделом (1980–1982), заведующий Центральной научно-исследовательской лабораторией (1982–1988), зав. кафедрой патологической анатомии НГМИ (с 1989 г.). Проректор по научной работе НГМИ (1988–1999).

Зам. директора по научной работе Научного центра клинической и экспери­мен­тальной медицины Сибирского отделения РАМН (1999–2003), директор Научного центра клинической и экспериментальной медицины Сибирского отделения РАМН (2003–2019). С 2019 г. — научный руководитель Федерального Исследо­ватель­ского Центра Фундаментальной и Трансляционной Медицины.

Основные направления научной деятельности связаны с изучением морфогенеза и молекулярно-клеточных механизмов острого и хронического воспаления различной этиологии, включая гранулематозы, исследованием фундаментальных основ лизосомотропизма. Одним из приоритетных направлений является разработка новых эффективных способов диагностики, профилактики и лечения социально значимых заболеваний человека.

Шкурупий В. А. является основателем и руководителем научной школы «Межтканевые, молекулярно-клеточные взаимоотношения в патогенезе острого и хронического воспаления и их осложнений, разработка средств «адресной» терапии».

Автор более 800 научных работ, в том числе 17 монографий, 38 патентов РФ и 2 Евразийских патентов.

Шеф-редактор журнала «Сибирский консилиум», член редакционных коллегий и редакционных советов журналов — «Бюллетень Сибирского отделения РАМН» и «Сибирский медицинский журнал», член редакционного совета журнала «Экспериментальной и клинической медицины», член редакционной коллегии журнала «Хирургия, морфология, лимфология» — Кыргызстан.

Заслуженный деятель науки РФ (2004).

Награжден Медалью Р. Вирхова (2004), Орденом Н. И. Пирогова (2008).