Член-корреспондент АН СССР (1990), доктор геолого-минералогических наук (1968), профессор (1970). Геолог, геохимик. Специалист в области геохимии эпигеза и техногенеза, гидрогеохимии и гидрогеологии.

В Академии наук СССР с 1959 г.: младший научный сотрудник, зав. лабораторией гидрогеологии Института геологии Восточно-Сибирского филиала АН СССР (Иркутск) (1959-1962); зав. лабораторией (1962-1972), зам. директора по науке (1972-1995), главный научный сотрудник (1995-2001) Института земной коры СО АН СССР (РАН) (Иркутск). Профессор, организатор и зав. кафедрой гидрогеологии и инженерной геологии Иркутского политехнического института (1968-1973).

Е.В.Пиннекер – один из создателей сибирской школы гидрогеохимиков и гидрогеологов, в основе которой лежит развитая им концепция о гидрогеологии как науке о подземной гидросфере.

Лауреат Государственной премии СССР (1986).

Награжден государственными орденами и медалями.