30 мая 1997 г. Н.Л.Добрецов избран Вице-президентом РАН, Председателем Сибирского отделения РАН Академик РАН Н.Л.Добрецов — крупнейший ученый в области геологии, минералогии, магматической и метаморфической петрологии, тектоники и глубинной геодинамики. На посту Председателя Сибирского отделения РАН (1997–2008) Н.Л.Добрецов достойно продолжил начатую академиком В.А.Коптюгом линию на адаптацию и развитие СО РАН в новых условиях. Под его руководством в Отделении с 1998 г. начала реализовываться долговременная программа по совершенствованию и развитию научных исследований и территориальной сети научно-исследовательских институтов. Была внедрена конкурсная система по выполнению интеграционных (в том числе с академиями наук стран СНГ) проектов.

Под руководством Н.Л. Добрецова осуществлялась научная проработка важнейших проектов развития России и Сибири. В СО РАН было подготовлено и направлено в Правительство более 15 аналитических докладов по важнейшим проблемам социально-экономического развития страны и Сибири, таких, как энергетическая стратегия, концепция развития угольной промышленности, развитие транспортной структуры, состояние здоровья населения Сибири и др. При активном участии Н.Л.Добрецова и институтов СО РАН была разработана и утверждена Правительством РФ в 2002 г. «Стратегия экономического развития Сибири».